庵野秀明監督による日本アニメ界の金字塔。謎の生命体「使徒」に対抗するため、巨大な人型兵器「エヴァンゲリオン（EVA）」のパイロットとなった少年少女たちの戦いと葛藤を描く。劇中の要塞都市「第3新東京市」は神奈川県箱根町の地理を忠実にモデルとしており、新劇場版シリーズ（特に『シン・エヴァ』）では、監督の故郷である山口県宇部市や静岡県の天竜二俣駅などへも舞台が広がっています。
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芦ノ湖 — 使徒戦の舞台公式認定
箱根のカルデラ湖である芦ノ湖は、作中で最も頻繁に登場する象徴的なスポット。第5使徒ラミエル（新劇場版では第6使徒）との決戦を含む、数々の防衛戦の舞台となりました。湖を取り囲む箱根の外輪山の稜線は、作中の背景美術において極めて忠実に再現されています。
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二子山 — ヤシマ作戦・狙撃地点公式認定
箱根に実在する二子山（上二子山と下二子山）。第6話の「ヤシマ作戦」において、日本中の電力を集積したポジトロン・スナイパー・ライフルを携えた初号機が、対使徒用自動狙撃基地を設営し、超長距離からの使徒狙撃を敢行した歴史的スポットです。
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大涌谷 — シンジの彷徨い公式認定
箱根を代表する活火山地帯であり、硫黄の煙が立ち込める観光名所。第4話で、NERVから逃げ出した碇シンジが、行くあてもなく箱根の山中を彷徨う中で訪れ、噴煙の上がる荒涼とした大地の前で佇み、自身の孤独と向き合った場所です。
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仙石原（旧・仙石原中学校） — パイロットたちの学校公式認定
劇中でNERV本部およびジオフロントの真上に位置するとされる仙石原エリア。この地に実在した「仙石原中学校（現・統合により閉校）」が、シンジ、レイ、アスカ、トウジ、ケンスケらが通う「第3新東京市立第2中学校」の校舎のモデルとなりました。
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公時神社 — ケンスケのキャンプ地公式認定
金時山の麓にひっそりと佇む、坂田公時（金太郎）を祀る神社。第4話において、ミリタリーマニアの相田ケンスケが一人でテントを張りサバイバルごっこをしていた森のモデル。NERVから逃亡中だったシンジが転がり込み、一晩を共にした隠れ家的な場所です。
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箱根湯本駅 — 旅立ちと踏みとどまりのプラットホーム公式認定
箱根登山の始発駅であり、箱根観光의 玄関口。第4話の終盤、葛城ミサトや黒服たちに見守られながら、シンジが第3新東京市を去るために向かった駅。ホームで何本もの電車をやり過ごし、発車のベルが鳴り響く中で最終的に留まることを決意した、初期の非常に重要なドラマの舞台です。
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桃源台駅 — 桃源台中央駅のモデル公式認定
芦ノ湖畔に位置する箱根ロープウェイの駅。新劇場版シリーズにおいて「桃源台中央駅」として登場。NERV本部へと繋がる大深度地下シャフトや格納庫と連動する交通結節点として、近代的なガラス張りのドーム型デザインが非常に細かくアニメ化されています。
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芦ノ湖スカイライン — 稜線からの景観公式認定
芦ノ湖の西側外輪山を走る有料道路「芦ノ湖スカイライン」沿いの展望地。第4話において、家出したシンジがカメラを持ったケンスケと出会い、眼下に広がる芦ノ湖と第3新東京市のパノラマ（要塞のようにビル群がせり上がる前ののどかな風景）を見下ろした場所の景観モデル。
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天竜二俣駅 — 「第3村」転車台と木造扇形車庫公式認定
静岡県浜松市にある天竜浜名湖鉄道の駅。登録有形文化財である「現役の転車台」と「木造扇形車庫」を擁する鉄道遺産。『シン・エヴァンゲリオン劇場版』でニアサードインパクトを生き残った人々が集う「第3村」のモデルとなり、転車台見学ツアーなどがファンに大人気です。
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宇部新川駅 — ラストシーンのプラットホーム公式認定
総監督・庵野秀明氏の生まれ故郷である山口県宇部市のJR宇部線駅。『シン・エヴァンゲリオン劇場版:||』の最後の場面で、すべての運命を終え大人になったシンジが、真希波・マリ・イラストリアスと共にベンチから立ち上がり、駅の改札を出て実世界へ走り出す、シリーズ全体の終着点です。
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ときわ公園 — 「ロンギヌスの槍」の鋳造彫刻公式認定
宇部市にある広大な都市公園で、庵野監督自身も子供の頃から親しんできた場所。映画の熱狂と地元製造業の底力を示すため、2023年に地元鋳造企業が全面協力して制作した、高さ7メートルを超える「鋼鉄製のロンギヌスの槍」が芝生に常設され、新たな超巨大聖地となっています。
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宇部本工場（旧・宇部興産） — 工業都市のインスピレーション視覚的イメージ
宇部市の臨海部に広がる、巨大な煙突や無数のパイプライン、専用道路の陸橋が交錯する大規模な工場群（旧・宇部興産）。庵野秀明監督が『エヴァ』を特徴づける巨大な送電鉄塔、幾何学的なプラント、無機質な軍事都市のビジュアルデザインのベースとしたインフラ景観の原点です。
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東京都庁 — ジオフロントのエレベーター遷移公式認定
新宿にそびえる丹下健三設計の象徴的なツインタワー（都庁第一本庁舎）。劇中において、人々がNERV本部の地下ジオフロントへと降りていく巨大エレベーターやモノレール路線のトランジションシーンで、その幾何学的で特異なシルエットが象徴的にインサートされます。
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恵比寿ガーデンプレイス — ヱヴァンゲリヲン新劇場版の街アベニュー公式認定
渋谷・目黒エリアにまたがる近代的な複合施設。映画『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』の序盤において、使徒襲来に伴い完全に住民が避難し、無人となった第3新東京市の無機質な都市景観として、エントランス広場やガラスシャトーのディテールが写真のように精密に再現されています。