SFタイムトラベル・サスペンスの最高傑作。自称「狂気のマッドサイエンティスト」こと鳳凰院凶真（岡部倫太郎）と、「未来ガジェット研究所」の個性豊かなラボメンたちが、偶然にも過去へメールを送れるタイムマシン「電話レンジ（仮）」を発明してしまうことから始まります。過去の改変（Dメール）が引き起こす世界線の変動、そして彼らを待ち受ける過酷な運命と陰謀を描きます。作中では2010年当時の秋葉原の街並みや実在の店舗が極めてリアルに再現されており、聖地巡礼ブームの火付け役の一つとなりました。
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秋葉原ラジオ会館 — タイムマシンが衝突した聖地公式認定
シュタゲを象徴する秋葉原のランドマーク。第1話で人工衛星らしきタイムマシンが屋上に墜落し、岡部が牧瀬紅莉栖の血まみれの遺体を発見する全ての始まりの場所です。作中のモデルとなった旧駅前ビルは2011年に解体・建て替えられましたが、象徴的な黄色いネオン看板は引き継がれ、今も世界中のファンが訪れる絶対的な聖地です。
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カフェ メイリッシュ — 「メイクイーン＋ニャン2」のモデル公式認定
秋葉原に実在する老舗メイド喫茶。椎名まゆりやフェイリス・ニャンニャンがアルバイトをしているメイドカフェ「メイクイーン＋ニャン2」の公式な外観・内装モデルです。シュタゲとの公式コラボイベントも頻繁に行われ、ファンにとって外せない憩いの場となっています。
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柳森神社 — 柳林神社のモデル公式認定
神田川沿いの土手下にひっそりと鎮座する珍しい神社。漆原るかが巫女姿（実際は男だが）で住んでいる「柳林神社」の主なモデルです。境内の狸（たぬき）の石像や独特の配置が作中そのままに描かれており、岡部とるかが妖刀「五月雨」で素振りをするシーンで有名です。
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神田ふれあい橋 — 岡部と紅莉栖が歩いた鉄橋公式認定
秋葉原駅のすぐ南側、神田川に架かる細い歩行者専用の鉄橋。新幹線の高架と並行しています。岡部と牧瀬紅莉栖が、タイムリープの理論や世界線を変動させることの恐ろしさについて深刻な議論を交わしながら歩く、印象的なシーンで何度も登場しました。
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牛丼専門サンボ — 岡部とダルが行きつけの牛丼屋公式認定
秋葉原で古くから愛される、知る人ぞ知る独立系の「牛丼専門サンボ」。「携帯電話の電源はお切り下さい」などの厳しい暗黙のルールで有名でしたが、作中で岡部とダル（橋田至）が足繁く通い牛丼をかきこむ行きつけの店として完璧に再現されています。
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秋葉原UDX (UPX) — 中鉢博士の会見と巨大スクリーン公式認定
秋葉原駅前にある巨大な複合オフィスビル。アニメでは「UPX」という名称で登場します。壁面の巨大な屋外ビジョンは、岡部が中鉢博士の記者会見や、世界線が変動した後のニュース速報を呆然と見上げるシーンの舞台として非常に重要です。
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秋葉原駅（コインロッカー） — IBN5100の隠し場所公式認定
秋葉原駅周辺のコインロッカー群。物語の鍵を握る幻のレトロPC「IBN5100」（SERNの暗号を解読できる唯一の端末）を、桐生萌郁が隠し入れた非常に重要なサスペンスの舞台です。岡部たちが血眼になって駅周辺のロッカーを探し回りました。
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万世橋 — IBN5100を運んだレンガ造りの橋公式認定
秋葉原の南端、神田川に架かるレンガ造りが美しい歴史的なアーチ橋。真夏の猛暑の中、岡部と牧瀬紅莉栖が、非常に重くて巨大な「IBN5100」を二人で汗だくになりながら抱えてラボまで運ぶ、ファンの間で非常に有名な道程の一部です。
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芳林公園 — 未来ガジェット研究所の近くの公園公式認定
秋葉原のジャンク通り近くにある区立公園。岡部たちの拠点である「未来ガジェット研究所」（1階がミスターブラウンのブラウン管工房）の建物自体は架空ですが、作中の設定や背景描写から、この公園のすぐ北側の路地（蔵前橋通り付近）に位置していることになっており、ラボメンたちの生活圏として頻繁に登場します。